Tradicionalmente los parásitos intestinales han sido considerados un problema de salud de la población pediátrica en los países subdesarrollados. La aparición del HIV-SIDA y los tratamientos con inmunosupresores han tenido como consecuencia la mayor ocurrencia de coccidias intestinales y/o Blastocystis sp., como agentes oportunistas que complican la salud de este tipo de enfermos, en su mayoría, adultos jóvenes. Mediante un estudio descriptivo y evaluativo de la identificación exhaustiva de parásitos intestinales en la Sección de Geohelmintiasis (SGH) del Instituto de Medicina Tropical, se evaluaron, durante dos años (2013-2014), 407 pacientes para el descarte de agentes infecciosos. Por solicitud del médico referente, se aplicaron técnicas de coloración especiales y de concentración (Zielh-Neelsen modificado y Formol-Acetato de Etilo). A todos los pacientes, se les realizó el interrogatorio por medio de una ficha clínico-epidemiológica. El principal motivo de consulta fue la investigación parasitaria por sospecha clínica, seguido de causas debidas a inmunosupresión. Blastocystis sp., se identificó como el principal parásito oportunista, tanto en inmunosuprimidos como en inmunocompetentes. Las coccidias intestinales, ocupan el segundo lugar, seguido de los helmintos y de los protozoarios. Las coccidias intestinales se encontraron con mayor frecuencia en el grupo de 26 a 50 años, coincidencialmente el 90 % de éstos pacientes son HIV positivos y el 54% están infectados con coccidias. La eosinofilia, cuantificada por el valor del contaje absoluto de eosinófilos se correlacionó con la presencia de coccidias intestinales. Se concluye con la recomendación de evaluar periódicamente la presencia de estos parásitos en las muestras procesadas en la SGH, como laboratorio de referencia nacional.